【回答】 等時間日影図が作図できたのであれば高さ設定に問題はないと思われます。
ただ、建物の高さを設定したレイヤに時刻日影図、等時間日影図を作図した場合、次に日影操作を行う際、日影線の端点が建物角と重なった状況で「高さが未設定」な線として認識されることがあります。時刻日影図、等時間日影図は建物データとは別のレイヤに作図して再度試してください。また、「高さが未設定のデータ有」の場合、未設定となっている端点に「<未設定」と書き込まれるので確認してください。
Ver5.11より、未設定箇所となる部分が図面上に「高さ未設定」として表示されるようになりました。