レイヤは、ユーザーの使い勝手により自由に設定を行うため、一概に違いを説明することができません。
同書の「躯体」「仕上」「下地見え」では、主に躯体の断面、仕上げの断面、下地の断面または見えがかりの線、をレイヤで分けて作図しています。
ユーザーによっては、線色(線の幅)や線の種類でレイヤを分ける場合もあります。作図しながら必要に応じてレイヤを分けてみてはいかがでしょうか。
なお、エクスナレッジムック『Jw_cad 木造住宅設計 完全マスター』や『Jw_cad 建築設備設計 完全マスター』では、実務で作図する上で図面をいくつかのレイヤに分けて作図していますので、参考にしてください。